لايحه فوق‌الذكر كه پيشتر با ايراد شوراي نگهبان مواجه شده بود، جهت رفع ايراد شورا، در جلسه علني مورخ 21/ 7 /98 اصلاح و مجدداً نزد شوراي نگهبان ارسال شده است. 
براساس تنها ايراد شورا به اين مصوبه، در جزء «ت» بند «3» ماده (2)، اطلاق تبعيض هدفمند از جهت باور مذهبي، خلاف موازين شرع شناخته شده است. 
با اين توضيح كه براساسا بند «2»‌ماده (2) اين موافقت‌نامه،‌طرفين متعهد به «رفتار منصفانه و عادلانه» با سرمايه‌گذاران طرف ديگر در قلمرو سرزميني خود شده‌اند و بند «3» اين ماده، مصاديق «نقض رفتار منصفانه و عادلانه» را ذكر كرده است. برهمين اساس در جزء «ت» اين بند، «تبعيض هدفمند و مبتني بر مبنايي كه آشكاراً نادرست است» از جمله مصاديق نقض «رفتار منصفانه و عادلانه»‌دانسته شده است و يكي از نمونه‌هاي اين تبعيض، تبعيض بر مبناي «باور مذهبي» اعلام شده است.
حال مجلس به منظور رفع اين ايراد يك تبصره به عنوان حق شرط به ماده واحده اين موافقتنامه الحاق نموده است و براساس آن، اجراي جزء «ت» بند «3» ماده (2) را با رعايت اصول 12 و 13 قانون اساسي، الزامي دانسته است.
دراين‌خصوص اگرچه به نظر مي‌رسد رعايت اصول مذكور تاحدودي مي‌تواند رافع ايراد شورا تلقي شود، لكن مناسب بود اصل 14 قانون اساسي كه مبناي عمل جمهوري اسلامي ايران با غيرمسلمانان است نيز مورد توجه قرار مي‌گرفت.