مقدمه
لايحه فوق‌الذكر كه پيش از اين در تاريخ 11 /6/ 1397 به تصويب مجلس شوراي اسلامي رسيده بود و در تاريخ 14 /7/ 1397 توسط شوراي نگهبان مغاير قانون اساسي تشخيص داده شد، جهت رفع ايرادات مجدداً در جلسه علني مورخ 27 /8/ 1398 مجلس شوراي اسلامي به تصويب رسيده است. در ادامه به بررسي مفاد اصلاحيه مي‌پردازيم. 
لازم به ذكر است كه مصوبه ارسالي صرفاً در بردارنده موارد اصلاحي توسط مجلس مي‌باشد و بقيه احكامي كه در مصوبه وجود داشته، كماكان باقي بوده و مستلزم بررسي شوراي نگهبان مي‌باشد، چراكه در اظهارنظر قبلي شورا، مصوبه مجلس با ايرادي كلي مواجه شده و نسبت به جزئيات ورودي صورت نگرفته بود، البته گزارش حاضر صرفاً درباره موارد اصلاحي و مذكور در مصوبه جديد است و از ذكر مجدد نكات پيش‌گفته در گزارش قبلي خودداري شده است. 
شرح و بررسي
الف) كليات 
با توجه به اينكه ايراد شوراي نگهبان نسبت به مصوبه سابق، مغايرت مصوبه با اصل 74 قانون اساسي به دليل ايجاد تغييرات اساسي در لايحه دولت بوده است، ابتدا به بررسي اقدامي كه به نظر در راستاي رفع اين ايراد صورت گرفته، مي‌پردازيم. در اين راستا ظاهراً به‌منظور رفع ايراد شوراي نگهبان، (بعد از اظهارنظر شوراي نگهبان) طرحي تحت عنوان « طرح ايجاد مناطق ويژه اقتصادي » توسط نمايندگان مجلس تهيه و در تاريخ 11/9/1397 اعلام وصول شده است و به استناد تبصره «1» ماده (143) آيين نامه داخلي مجلس شوراي اسلامي، به دليل وحدت موضوع با لايحه پيشنهادي دولت، گزارش كميسيون به صورت مشترك آماده شده است. البته در مصوبه مجلس هيچ اشاره‌اي به اينكه مصوبه حاصل ادغام لايحه حاضر و طرح مذكور مي‌باشد نشده است، هرچند به نظر مي‌رسد اصلاحي كه در بند «4» مصوبه آمده است و عبارت «به موجب طرح ايجاد مناطق ويژه اقتصادي» مذكور در اين بند ناظر بر طرح فوق‌الذكر باشد. 
ايراد ديگري كه در نظر مورخ 14/7/1397 شوراي نگهبان ذكر شده است در خصوص مغايرت مصوبه با سياست‌هاي كلي نظام بوده است كه به موجب نامه مورخ 1/7/1397 رييس هيأت عالي نظارت بر حسن اجراي سياست‌هاي كلي نظام به مجلس شوراي اسلامي اعلام شده است. در مصوبه حاضر هيچ اصلاحي در راستاي رفع ايرادات مذكور در نامه هيأت عالي نظارت به عمل نيامده است، لذا مصوبه حاضر از اين حيث مغاير بند «2» اصل 110 قانون اساسي است. با اين توضيح كه اين هيأت در سه بند، مصوبه مجلس را به شرح زير مغاير برخي از سياست‌هاي كلي نظام دانسته بود:
1. در بند اول نظر هيئت عالي نظارت، مصوبه مجلس مغاير بند «17» سياستهاي كلي اقتصاد مقاومتي شناخته شده است. توضيح آنكه بند «17» سياست‌هاي اقتصاد مقاومتي، «لزوم افزايش درآمدهاي مالياتي» را ازجمله شاخصهاي مقاومت اقتصادي قلمداد كرده است. بدون شك هدف اين سياست جلوگيري از فرار مالياتي و شناسايي و اخذ ماليات از تمامي مشمولين از يكسو و ايجاد منابع جديد اخذ درآمد مالياتي و عدم برقراري معافيت جديد از سوي ديگر است. درحالي‌كه ازجمله امتيازات و يا به عبارت ديگر از مؤلفه‌هاي مناطق آزاد و ويژه، معافيت‌هاي بلندمدت اين مناطق از ماليات‌هاي مستقيم و ماليات بر ارزش افزوده است. 
2. در دومين بند از اظهارنظر هيئت عالي نظارت، مصوبه مجلس مغاير بند «1» جزء «د» سياستهاي كلي آمايش سرزمين تلقي شده است. بند مزبور «ايجاد امكانات عادلانه و فرصت‌هاي برابر و رفع تبعيض ناروا در مناطق كشور» را يكي از سياست‌هاي آمايش سرزمين معرفي كرده است. اين در حالي است كه افزايش بي‌رويه مناطق آزاد و ويژه اقتصادي، با لحاظ معافيت‌هاي گمركي و مالياتي موجود در اين مناطق، به گسترش تبعيض منجر خواهد شد. 
3. براساس بند سوم از نظر هيئت عالي نظارت، مصوبه مجلس مغاير بند «11» سياست‌هاي كلي اقتصاد مقاومتي شناخته شده است. با اين توضيح كه مطابق بند مزبور «توسعه حوزه عمل مناطق آزاد و ويژه اقتصادي كشور به‌منظور انتقال فناوري‌هاي پيشرفته، گسترش و تسهيل توليد، صادرات كالا و خدمات و تأمين نيازهاي ضروري و منابع مالي از خارج» مورد تأكيد قرار گرفته است كه به عنوان جهت گيري اصلي در حوزه دستيابي به اهداف مناطق آزاد تلقي مي‌شود. همانگونه كه مشاهده مي‌شود در اين سياست‌ها (با وجود در مقام بيان بودن) هيچ اشاره‌اي به افزايش تعداد و يا گسترش دامنه جغرافيايي اين مناطق نشده است. چراكه مفهوم تأكيد مقرر در اين بند مبني‌بر «توسعه حوزه عمل» آن است كه محوريت توسعه مناطق آزاد بايد ارتقاء حوزه عمل و ارتقاء كيفي آن در راستاي اهداف شمرده شده در بند 11 باشد و نه آنكه محوريت، افزايش تعداد مناطق آزاد و همچنين گسترش حوزه جغرافيايي آن باشد. بنابراين اولاً مقصود از اين بند، ساماندهي وضع موجود مناطق آزاد و ويژه، توسعه كيفي مناطق آزاد و ويژه موجود و هدايت آن‌ها به سمت اهداف ايجادي و مباني شكل‌گيري و اعطاي مأموريت‌هاي جديد به مناطق ازجمله انتقال فناوري‌هاي پيشرفته و تأمين منابع مالي از خارج است. 
ثانياً بر فرض اينكه افزايش تعداد مناطق آزاد نيز از سياست‌هاي مزبور برداشت شود، لكن باتوجه به اينكه مناطق آزاد فعلي درنيل به اهداف تصريح شده ناموفق بوده‌اند و تجربه نشان داده است كه مناطق آزاد، نه تنها به گسترش صادرات كمك نكرده‌اند، بلكه به افزايش بي‌رويه واردات كالا نيز دامن زده‌اند، بنابراين افزايش مناطق آزاد بدون نيل به اهداف مصرح در بند 11 در مغايرت با اين بند قرار دارد.
ب) جزئيات
بند «2» ماده واحده- تذكر
به موجب بند «1» فرمان مورخ 25/10/1370 مقام معظم رهبري خطاب به دكتر فيروزآبادي و سرلشكر محسن رضايي، عنوان «ستاد فرماندهي كل قوا» به «ستاد كل نيروهاي مسلح» تغيير پيدا كرده است. لذا عبارت «ستاد فرماندهي كل قوا» بايد اصلاح شود. 
بند «4» ماده واحده - مغايرت با اصل 85 و بند «10» اصل 3 
1) اگرچه همانگونه كه توضيح آن گذشت به‌نظر مي‌رسد مقصود از «طرح ايجاد مناطق ويژه اقتصادي» مذكور در صدر اين بند همان طرحي است كه توسط نمايندگان مجلس تهيه و در تاريخ 11/9/1397 اعلام وصول شده است، لكن اصلاح صورت گرفته با عنايت به اينكه در صدر فهرست مناطق ويژه اقتصادي پيوست به «فهرست مناطق ويژه اقتصادي موضوع بند «4» ماده واحده اشاره نموده است، همخواني ندارد، چراكه بند مزبور به فهرست مزبور ارجاعي نداده است و ناظر به طرحي در اين‌خصوص مي‌باشد.
2) مطابق جزء «الف» ‌از بند «4»، صرف تأييد دبيرخانه شوراي عالي مناطق آزاد و ويژه اقتصادي مبني‌بر وجود سازمان اداره‌كننده غيردولتي جهت تحقق شرط مزبور براي ايجاد منطقه ويژه اقتصادي كفايت مي‌كند. اين در حالي است كه اين امر نيازمند تعيين شرايط و ضوابط جهت چنين سازمان‌هايي است و درصورتي‌كه اين امر به شوراي عالي مزبور سپرده شود مي‌تواند واجد ايراد مغايرت با اصل 85 قانون اساسي قلمداد شود. 
3) به‌موجب جزء «ب» از بند «4»‌ ماده‌‌واحده مقرر شده است اخذ مجوز براي «تخصيص اراضي» از «شوراي برنامه‌ريزي استان» صورت گيرد. لكن با توجه به تركيب شوراي مزبور و كليت وظايف اشاره شده در ماده (31) قانون احكام دائمي برنامه‌هاي توسعه اين وظيفه نمي‌تواند به‌طور اختصاصي در صلاحيت اين نهاد باشد. چراكه «اختصاص اراضي»‌ و تصميم‌گيري نسبت به آن در صلاحيت ساير دستگاه‌ها (وزارت جهاد كشاورزي و راه و شهرسازي) نيز مي‌باشد و ازاين‌جهت ايجاد صلاحيت موازي بدون تعيين‌تكليف نسبت به صلاحيت‌هاي دستگاه‌هاي ديگر باعث تداخل در وظايف بوده و با بند «10» اصل 3 قانون اساسي و نظام اداري صحيح مغايرت دارد.
تبصره «6»- مغايرت با بند «1» اصل 3 و اصل 85
بر اساس اين تبصره، كه در نامه معاون اول رييس جمهور مبني‌بر موافقت دولت با مصوبه مجلس آمده است و به‌نظر مي‌رسد به‌منظور رفع ايراد احتمالي مغايرت با اصل 75 قانون اساسي صادر شده است، هزينه‌هاي استقرار و ارائه خدمات گمركي به نرخ مصوب دولت و از محل درآمدهاي مناطق ويژه اقتصادي تأمين مي‌شود. شايان ذكر است بار مالي مصوبه صرفاً ناظر به استقرار و ارائه خدمات گمركي نمي‌باشد، بلكه بخشي از آن مربوط به معافيت‌هاي مالياتي است كه نسبت به اين مناطق وجود دارد. البته در هرصورت اگر موافقت دولت به‌منظور رفع ايراد احتمالي بار مالي مصوبه قلمداد شود، اين موضوع نيز منتفي خواهد بود. البته درخصوص متن الحاقي دو نكته قابل تأمل است: 
يكي اينكه تعيين نرخ هزينه‌هاي مزبور توسط دولت بايد براساس ضوابطي باشد كه مجلس شوراي اسلامي تعيين كرده است نظير موقعيت جغرافيايي يا براساس هزينه تمام‌شده يا نظاير اينها، لذا با توجه به اينكه در اين تبصره ضابطه‌اي مشخص نشده است، اين تبصره مغاير اصل 85 قانون اساسي به نظر مي‌رسد.
دوم اينكه وابستگي تأمين هزينه‌خدمات گمركي به درآمدهاي حاصل از مناطق ويژه به نوعي زمينه‌ساز بروز فساد در اين مناطق خواهد بود. توضيح آنكه گمرك به عنوان دستگاهي است كه وظيفه نظارت بر فعاليت‌هاي اقتصادي و ورود و خروج كالا به مناطق مختلف كشور را برعهده دارد. از سويي در مناطق ويژه اقتصادي، تأمين هزينه‌هاي اين دستگاه به درآمدهايي وابسته مي‌شود كه گمرك وظيفه نظارت بر آنها را دارد. طبعاً اگر درآمدهاي حاصل از مناطق ويژه اقتصادي كاهش يابد، تأمين هزينه‌هاي گمرك با اختلال مواجه خواهد شد. لذا به تدريج گمرك به سمتي جهت داده مي‌شود كه درآمدهاي مناطق مزبور دچار اختلال نشود و اين امر در نظارت‌هاي آتي اين دستگاه اختلال ايجاد مي‌كند. لذا اين تبصره از اين حيث زمينه‌هاي بروز فساد را ايجاد مي‌كند و از اين رو مغاير بند «1» اصل 3 قانون اساسي مبني‌بر لزوم مبارزه با مظاهر فساد است.